民航運輸系設有五個專業，分別為空中乘務、機場運行服務與管理、民航空中安全保衛、民航安全技術管理、航空物流管理。
空中乘務專業是我校的龍頭專業，也是國家級重點專業，同時，我校也是黑龍江省內唯一一所航空產業的統招大專院校，是全國“航空七校之一”。
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機場運行服務與管理主要研究民航服務、機場服務、機坪服務、機場運行與管理、民航法律法規等方面的基本知識和技能，進行機場運行指揮、機場地勤服務、機場票務管理等工作。2023-2025年是民航的增長期和釋放期，重點要擴大國內市場、恢復國際市場，釋放改革成效，提高對外開放水平，著力增強創新發展動能，加快提升容量規模和質量效率，全方位推進民航高質量發展。展望2025年，我國民航也將實現從單一航空運輸強國向多領域民航強國跨越的戰略目標。
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民航空中安全保衛專業是交通運輸大類中的航空運輸類。民航空中安全保衛專業是我院民航運輸系的精品專業。民航空中安全保衛專業是指針對航空器、機場、航空公司及其相關場所和環境，進行安全保衛工作的專業。其主要職責是防范和打擊恐怖襲擊、危險物品攜帶、非法入侵、盜竊、搶劫等安全事件，確保航空器和航空場地的安全穩定運行。
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民航安全技術管理主要研究民航安檢技術、安全防范技術、民航安檢設備與法規等方面的基本知識和技能，進行民航的安全檢查與安全防范等。例如：危險物品與易爆物品的檢查排查，空運貨物與郵件的安全檢查，旅客證件及隨身物品的檢查等。
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航空物流管理主要研究現代航空物流運營管理、民航貨物運輸、國際航空快遞實務、國際貨運代理等方面的基本知識和技能，目的是培養全面發展，具有良好職業道德和人文素養，掌握空港貨物運輸、物流配送、民航國內貨物運輸等基本知識，具備航空物流的操作能力，從事航空貨物運輸、倉儲、貨運營銷等工作的高素質技術技能人才。
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